La compétence « Protection et mise en valeur de l’environnement », qui vise à gérer et entretenir les cours d’eau du territoire, est déléguée à deux syndicats de communes :
- Le SIARJA pour la Juine et ses affluents : http://siarja.fr/, dont les missions concernent l’entretien et l’aménagement du cours d’eau, la réalisation des études préalables, l’élaboration du Contrat de bassin de la Juine
- Le SIBSO pour la Renarde et l’Orge : http://www.sibso.fr/, dont les missions consistent à gérer les cours d’eau et les ouvrages hydrauliques (afin notamment de réduire le risque d’inondation), procéder aux travaux d’entretien de la végétation et du lit des cours d’eau, suivre la qualité des eaux et participer à la lutte contre les pollutions, protéger et restaurer les écosystèmes aquatiques et les zones humides.